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ab_initio:ase_manual 2009/01/24 00:36 ab_initio:ase_manual 2009/05/19 18:35 現在
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from LinearAlgebra import Heigenvalues from LinearAlgebra import Heigenvalues
from Numeric import array from Numeric import array
-a = array([[1.0, 0.01j], [-0.01j, 1.0]]) +a1 = array([[1.0, 0.01j], [-0.01j, 1.0]])
-b = Heigenvalues(a+b1 = Heigenvalues(a1
-print b+print b1
</code> </code>
+===== 状態密度 =====
+<code python>
+f1 = 'out.nc'
+
+from Dacapo import Dacapo
+c1 = s1.GetCalculator()
+
+from ASE.Utilities.DOS import DOS
+d1 = DOS(c1)
+x0 = d1.GetEnergies()
+y1 = d1.GetDOS(0)
+y2 = d1.GetDOS(1)
+
+for i in range(len(x0)):
+  print x0[i], y1[i], -y2[i]
+</code>
+===== WriteXYZ =====
+<code python>
+from Dacapo import Dacapo
+
+from ASE.IO.xyz import WriteXYZ
+WriteXYZ('out.xyz', atoms = s1)
+</code>
+
+==== 標準ツール trajectory2xyz ソースコード ====
+<code python>
+#!/usr/bin/env python
+from optparse import OptionParser
+
+from ASE.IO.xyz import WriteXYZ
+from ASE.Trajectories.NetCDFTrajectory import NetCDFTrajectory
+
+
+
+parser = OptionParser(usage='%prog [-r R1 R2 R3] trajectory xyzfile',
+                      version='%prog 0.1')
+                  help='Repeat R1, R2, R3 times along the three axes',
+                  metavar='R1 R2 R3')
+
+options, args = parser.parse_args()
+
+if len(args) != 2:
+    parser.print_help()
+    raise SystemExit
+
+print 'Creating xyz file:' ,args[1]
+trajectory = NetCDFTrajectory(args[0])
+WriteXYZ(args[1],trajectory=trajectory,repeat=options.repeat,id=args[0])
+</code>
+
+===== VTK (Visual Tool Kit) =====
+
+<code python>
+f1 = 'out.nc'
+
+from Dacapo import Dacapo
+
+from ASE.Visualization.VTK import VTKPlotAtoms
+ap1 = VTKPlotAtoms(s1)
+</code>
+
+<code python>
+f1 = 'out.nc'
+
+from Dacapo import Dacapo
+
+from ASE.Visualization.VTK import VTKPlotDensity
+dp1 = VTKPlotDensity(s1, showatoms = True)
+</code>
+
+<code python>
+f1 = 'out.nc'
+m1 = 0
+
+from Dacapo import Dacapo