差分

この文書の現在のバージョンと選択したバージョンの差分を表示します。

ab_initio:ase_manual 2009/01/24 01:09 — 現在
ライン 1: ライン 1:
-====== ASEマニュアル ====== 
-===== 行列の固有値 ===== 
-<code python> 
-from LinearAlgebra import Heigenvalues 
-from Numeric import array 
-a = array([[1.0, 0.01j], [-0.01j, 1.0]]) 
-b = Heigenvalues(a) 
-print b 
-</code> 
- 
-===== 状態密度 ===== 
- 
-<code python> 
-the_filename = 'out.nc' 
- 
-from Dacapo import Dacapo 
-the_model = Dacapo.ReadAtoms(filename = the_filename) 
-the_calculator = the_model.GetCalculator() 
- 
-from ASE.Utilities.DOS import DOS 
-a_dos = DOS(the_calculator) 
-x  = a_dos.GetEnergies() 
-y1 = a_dos.GetDOS(0) 
-y2 = a_dos.GetDOS(1) 
- 
-for i in range(len(x)): 
-  print x[i], y1[i], -y2[i] 
-</code> 
- 
-===== 標準ツール trajectory2xyz ソースコード ===== 
- 
-<code python> 
-#!/usr/bin/env python 
-from optparse import OptionParser 
- 
-from ASE.IO.xyz import WriteXYZ 
-from ASE.Trajectories.NetCDFTrajectory import NetCDFTrajectory 
- 
- 
- 
-parser = OptionParser(usage='%prog [-r R1 R2 R3] trajectory xyzfile', 
-                      version='%prog 0.1') 
-parser.add_option('-r', '--repeat', type='int', nargs=3, 
-                  help='Repeat R1, R2, R3 times along the three axes', 
-                  metavar='R1 R2 R3') 
- 
-options, args = parser.parse_args() 
- 
-if len(args) != 2: 
-    parser.print_help() 
-    raise SystemExit 
- 
-print 'Creating xyz file:' ,args[1] 
-trajectory = NetCDFTrajectory(args[0]) 
-WriteXYZ(args[1],trajectory=trajectory,repeat=options.repeat,id=args[0]) 
-</code> 
- 
-===== VTK (Visual Tool Kit) ===== 
- 
-<code python> 
- 
-band = 0 
-'CO_in_a_box.nc' 
- 
-from ASE import ListOfAtoms 
-from ASE import Atom 
-from ASE.Visualization.VTK import VTKPlotWaveFunction 
-from ASE.Visualization.VTK import VTKPlotAtoms 
- 
-from Dacapo import Dacapo 
-atoms = Dacapo.ReadAtoms(filename='CO_in_a_box.nc') 
-calc = atoms.GetCalculator() 
- 
-# make a combined plot of the wavefunction and the atoms 
-atomplot = VTKPlotAtoms(atoms) 
-wfplot = VTKPlotWaveFunction(atoms,band=band,parent=atomplot) 
-atomplot.Update() 
- 
-# The appearence of the individual atomic elements can also be changed. 
-# Finding aluminium atom avatar (found in the dictionary of species avatars) 
-p1_O=atomplot.GetDictOfSpecies()['O'] 
-p1_C=atomplot.GetDictOfSpecies()['C'] 
- 
-# Change the radius to 2.0 AA and set the color to blue 
-p1_C.SetRadius(0.5) 
-p1_O.SetRadius(0.7) 
- 
-#The color is given in an rgb (red,green,blue) scale 
-p1_C.SetColor((1,0,0)) 
-p1_O.SetColor((0,1,0)) 
-atomplot.Render() 
- 
-# The unitcell can be removed 
-unitcell=atomplot.unitcell 
-atomplot.RemoveAvatar(unitcell) 
-atomplot.Render() 
- 
ab_initio/ase_manual.1232726954.txt.gz · 最終更新: 2009/01/24 01:09 by kimi
www.chimeric.de Creative Commons License Valid CSS Driven by DokuWiki do yourself a favour and use a real browser - get firefox!! Recent changes RSS feed Valid XHTML 1.0