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ab_initio:ase_manual 2009/01/24 01:24 ab_initio:ase_manual 2009/05/19 18:35 現在
ライン 27: ライン 27:
  print x0[i], y1[i], -y2[i]   print x0[i], y1[i], -y2[i]
</code> </code>
 +===== WriteXYZ =====
 +<code python>
 +from Dacapo import Dacapo
 +s1 = Dacapo.ReadAtoms(filename = 'out.nc')
-===== 標準ツール trajectory2xyz ソースコード =====+from ASE.IO.xyz import WriteXYZ 
 +WriteXYZ('out.xyz', atoms = s1) 
 +</code>
 +==== 標準ツール trajectory2xyz ソースコード ====
<code python> <code python>
#!/usr/bin/env python #!/usr/bin/env python
ライン 59: ライン 66:
<code python> <code python>
-the_filename = 'out.nc'+f1 = 'out.nc'
from Dacapo import Dacapo from Dacapo import Dacapo
-the_model = Dacapo.ReadAtoms(filename = the_filename)+s1 = Dacapo.ReadAtoms(filename = f1)
from ASE.Visualization.VTK import VTKPlotAtoms from ASE.Visualization.VTK import VTKPlotAtoms
-a_atom_plot = VTKPlotAtoms(the_model)+ap1 = VTKPlotAtoms(s1)
</code> </code>
<code python> <code python>
-the_filename = 'out.nc' +f1 = 'out.nc'
-the_band = 0+
from Dacapo import Dacapo from Dacapo import Dacapo
-the_model = Dacapo.ReadAtoms(filename = the_filename) +s1 = Dacapo.ReadAtoms(filename = f1)
-the_calculator = the_model.GetCalculator()+
-from ASE.Visualization.VTK import VTKPlotAtoms +from ASE.Visualization.VTK import VTKPlotDensity 
-a_atom_plot = VTKPlotAtoms(the_model) +dp1 = VTKPlotDensity(s1, showatoms = True)
- +
-from ASE.Visualization.VTK import VTKPlotWaveFunction +
-a_wavefunction_plot = VTKPlotWaveFunction(the_model, band = the_band, parent = a_atom_plot) +
-a_atom_plot.Update()+
</code> </code>
 +<code python>
 +f1 = 'out.nc'
 +m1 = 0
 +from Dacapo import Dacapo
 +s1 = Dacapo.ReadAtoms(filename = f1)
 +
 +from ASE.Visualization.VTK import VTKPlotWaveFunction
 +wp1 = VTKPlotWaveFunction(s1, band = m1, showatoms = True)
 +</code>
ab_initio/ase_manual.1232727873.txt.gz · 最終更新: 2009/01/24 01:24 by kimi
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