差分

この文書の現在のバージョンと選択したバージョンの差分を表示します。

ab_initio:ase_manual 2009/01/24 01:35 — 現在
ライン 1: ライン 1:
-====== ASEマニュアル ====== 
-===== 行列の固有値 ===== 
-<code python> 
-from LinearAlgebra import Heigenvalues 
-from Numeric import array 
-a1 = array([[1.0, 0.01j], [-0.01j, 1.0]]) 
-b1 = Heigenvalues(a1) 
-print b1 
-</code> 
- 
-===== 状態密度 ===== 
- 
-<code python> 
-f1 = 'out.nc' 
- 
-from Dacapo import Dacapo 
-s1 = Dacapo.ReadAtoms(filename = f1) 
-c1 = s1.GetCalculator() 
- 
-from ASE.Utilities.DOS import DOS 
-d1 = DOS(c1) 
-x0 = d1.GetEnergies() 
-y1 = d1.GetDOS(0) 
-y2 = d1.GetDOS(1) 
- 
-for i in range(len(x0)): 
-  print x0[i], y1[i], -y2[i] 
-</code> 
- 
-===== WriteXYZ ===== 
-<code python> 
-f1 = 'out.nc' 
-f2 = 'out.xyz' 
- 
-from Dacapo import Dacapo 
-s1 = Dacapo.ReadAtoms(filename = f1) 
- 
-from ASE.IO.xyz import WriteXYZ 
-WriteXYZ(f2, atoms = s1) 
-</code> 
- 
-==== 標準ツール trajectory2xyz ソースコード ==== 
-<code python> 
-#!/usr/bin/env python 
-from optparse import OptionParser 
- 
-from ASE.IO.xyz import WriteXYZ 
-from ASE.Trajectories.NetCDFTrajectory import NetCDFTrajectory 
- 
- 
- 
-parser = OptionParser(usage='%prog [-r R1 R2 R3] trajectory xyzfile', 
-                      version='%prog 0.1') 
-parser.add_option('-r', '--repeat', type='int', nargs=3, 
-                  help='Repeat R1, R2, R3 times along the three axes', 
-                  metavar='R1 R2 R3') 
- 
-options, args = parser.parse_args() 
- 
-if len(args) != 2: 
-    parser.print_help() 
-    raise SystemExit 
- 
-print 'Creating xyz file:' ,args[1] 
-trajectory = NetCDFTrajectory(args[0]) 
-WriteXYZ(args[1],trajectory=trajectory,repeat=options.repeat,id=args[0]) 
-</code> 
- 
-===== VTK (Visual Tool Kit) ===== 
- 
-<code python> 
-f1 = 'out.nc' 
- 
-from Dacapo import Dacapo 
-s1 = Dacapo.ReadAtoms(filename = f1) 
- 
-from ASE.Visualization.VTK import VTKPlotAtoms 
-ap1 = VTKPlotAtoms(s1) 
-</code> 
- 
-<code python> 
-f1 = 'out.nc' 
- 
-from Dacapo import Dacapo 
-s1 = Dacapo.ReadAtoms(filename = f1) 
- 
-from ASE.Visualization.VTK import VTKPlotDensity 
-dp1 = VTKPlotDensity(s1, showatoms = True) 
-</code> 
- 
-<code python> 
-f1 = 'out.nc' 
-m1 = 0 
- 
-from Dacapo import Dacapo 
-s1 = Dacapo.ReadAtoms(filename = f1) 
- 
-from ASE.Visualization.VTK import VTKPlotWaveFunction 
-wp1 = VTKPlotWaveFunction(s1, band = m1, showatoms = True) 
-</code> 
- 
ab_initio/ase_manual.1232728526.txt.gz · 最終更新: 2009/01/24 01:35 by kimi
www.chimeric.de Creative Commons License Valid CSS Driven by DokuWiki do yourself a favour and use a real browser - get firefox!! Recent changes RSS feed Valid XHTML 1.0