第一原理計算環境の構築

ここでは、Ubuntu 8.10をインストールしたAT互換機に第一原理計算パッケージ(Dacapo)を導入する手順を説明する。 Dacapoパッケージは

  1. ASE2 (Atomic scale Simulation Environment version 2) python スクリプト集
  2. Dacapo python スクリプト集
  3. 擬ポテンシャル
  4. Dacapo 実行形式ファイル(もしくはそのソースコード(FORTRAN 90))

から成っている。

以下では既にプログラミング言語や可視化ツールなど一般的な開発環境について設定されているとして話を進める。

追加ソフトウェアの導入

ASEをインストールする前にいくつかソフトウェアをインストールする必要がある。

必要なソフトウェア

  1. Python バージョン2.2以降: オブジェクト指向プログラミング言語 (http://www.python.org/)
  2. Rasmol: 分子構造可視化ツール (http://www.openrasmol.org/)
  3. GnuplotおよびGnuplot-Python: グラフ作成ツールとそのpython用ライブラリ (http://sourceforge.net/projects/gnuplot-py/)
  4. NetCDF: Net Comon Data Format用ツール及びそのpython用ライブラリ(Scientific Pythonより前に導入すること)
  5. VTK: X-Windows用可視化ライブラリ (http://www.vtk.org/)
  6. Numeric Python バージョン24.2. 最新のNumPyを使いたければase3に移行する必要がある。
  7. Scientific Python (http://dirac.cnrs-orleans.fr/ScientificPython/) 必ずバージョン2.4.11を使うこと。
  8. Matplotlib (http://matplotlib.sourceforge.net/) なくてもよい。

CAMP-ASE2のインストール

CAMP-ASE2 Python scripitsのインストール

$ tar zxvf campos-ase-2.3.13.tar.gz
$ cd campos-ase-2.3.13/
$ sudo python setup.py install

Test

ASE2のTest/VTK.pyを実行してみて pythonスクリプトが

$ python VTK.py 
KeyError: 'Environment variable VTK_TK_WIDGET_PATH not set. 
Specifies the location of libvtkRenderingPythonTkWidgets.so. 
This file will usually be in /usr/lib/vtk/python/.'
$

のようにlibvtkRenderingPythonTkWidgets.soを見つけられない場合、

$ export VTK_TK_WIDGET_PATH=/usr/lib

のようにlibvtkRenderingPythonTkWidgets.soのあるディレクトリを環境変数に設定する。/usr/lib/usr/local/libを 調べてみて、libvtkRenderingPythonTkWidgets.so.x.0はあるが、libvtkRenderingPythonTkWidgets.soはない、と言う場合には、

# ln -s /usr/lib/libvtkRenderingPythonTkWidgets.so.5.0 /usr/lib/libvtkRenderingPythonTkWidgets.so

のようにシンボリックリンクを張る必要がある。

VTKのテストは、以下のように

$ export VTK_TK_WIDGET_PATH=/usr/lib
$ python -i VTK.py 
>>>^D 
$ 

オプション-iをつけて実行する。

Dacapoのインストール

Dacapo-pythonのインストール

$ tarzxvf campos-dacapo-2.7.15.tar.gz
$ cd campos-dacapo-2.7.15/
$ cd Python/
$ sudo python setup.py install
のようにtarボールを展開したのち、Pythonディレクトリ下にあるsetup.pyinstallコマンド付きで起動するとインストールされる。この際root権限で実行する。(上の例ではsudoを使っている。)

Dacapo実行形式ファイルのインストール

ソースからコンパイルする

tarボールには

コンパイル済みのバイナリをrpmでインストールする

$ sudo apt-get install rpm
$ sudo rpm -ihv --nodeps Dacapo-2.7.7-0.1.i386.rpm 
$ dacapo.run 
Running /usr/bin//dacapo_2.7.7.run
abort_calc: 
Syntax error: number_of_args < 1; 
usage:/usr/bin//dacapo_2.7.7.run netCDF_input_file [netCDF_output_file]
                                                   [-innc netCDF_input_file] 
                                                   [-outnc netCDF_out_file]
                                                   [-out ASCII_output]
                                                   [-scratch scratch_dir ]
                                                   [-stop stop_file_name]
clexit: exiting the program
$ 
kimi@dell:~/Archives$ sudo rpm -Uhv --nodeps --force Dacapo-2.7.7-0.1.i386.rpm 
kimi@dell:~/Archives$ cd Archives/
kimi@dell:~/Archives$ cd
kimi@dell:~/Archives$ ls -al
kimi@dell:~/Archives$ sudo sh /tmp/x
kimi@dell:~/Archives$ vi /tmp/x
kimi@dell:~/Archives$ sudo find . -print | grep pseudo$ > /tmp/x
kimi@dell:~/Archives$ sudo chmod a+x *
kimi@dell:~/Archives$ sudo chmod a+x /usr/local/share/psp
linux/第一原理計算環境の構築.txt · 最終更新: 2009/02/03 20:33 by kimi
www.chimeric.de Creative Commons License Valid CSS Driven by DokuWiki do yourself a favour and use a real browser - get firefox!! Recent changes RSS feed Valid XHTML 1.0