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| linux:第一原理計算環境の構築 2009/02/03 20:33 | — 現在 | ||
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| ライン 1: | ライン 1: | ||
| - | ====== 第一原理計算環境の構築 ====== | ||
| - | ここでは、Ubuntu 8.10をインストールしたAT互換機に第一原理計算パッケージ(Dacapo)を導入する手順を説明する。 | ||
| - | Dacapoパッケージは | ||
| - | - ASE2 (Atomic scale Simulation Environment version 2) python スクリプト集 | ||
| - | - Dacapo python スクリプト集 | ||
| - | - 擬ポテンシャル | ||
| - | - Dacapo 実行形式ファイル（もしくはそのソースコード(FORTRAN 90)） | ||
| - | から成っている。 | ||
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| - | 以下では既に[[計算環境の構築|プログラミング言語や可視化ツールなど一般的な開発環境]]について設定されているとして話を進める。 | ||
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| - | ====== 追加ソフトウェアの導入 ====== | ||
| - | ASEをインストールする前に[[追加ソフトウェアの導入|いくつかソフトウェアをインストールする]]必要がある。 | ||
| - | ==== 必要なソフトウェア ==== | ||
| - | - Python バージョン2.2以降: オブジェクト指向プログラミング言語 (http://www.python.org/) | ||
| - | - Rasmol: 分子構造可視化ツール (http://www.openrasmol.org/) | ||
| - | - GnuplotおよびGnuplot-Python: グラフ作成ツールとそのpython用ライブラリ (http://sourceforge.net/projects/gnuplot-py/) | ||
| - | - NetCDF: Net Comon Data Format用ツール及びそのpython用ライブラリ（Scientific Pythonより前に導入すること） | ||
| - | - VTK: X-Windows用可視化ライブラリ (http://www.vtk.org/) | ||
| - | - Numeric Python [[http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=1369&package_id=1351|バージョン24.2]]. 最新のNumPyを使いたければase3に移行する必要がある。 | ||
| - | - Scientific Python (http://dirac.cnrs-orleans.fr/ScientificPython/) 必ずバージョン2.4.11を使うこと。 | ||
| - | - Python Pexpect (http://pexpect.sourceforge.net/) | ||
| - | - Matplotlib (http://matplotlib.sourceforge.net/) なくてもよい。 | ||
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| - | ====== CAMP-ASE2のインストール ====== | ||
| - | ===== CAMP-ASE2 Python scripitsのインストール ===== | ||
| - | $ tar zxvf campos-ase-2.3.13.tar.gz | ||
| - | $ cd campos-ase-2.3.13/ | ||
| - | $ sudo python setup.py install | ||
| - | |||
| - | ===== Test ===== | ||
| - | ASE2のTest/VTK.pyを実行してみて | ||
| - | pythonスクリプトが | ||
| - | $ python VTK.py | ||
| - | KeyError: 'Environment variable VTK_TK_WIDGET_PATH not set. | ||
| - | Specifies the location of libvtkRenderingPythonTkWidgets.so. | ||
| - | This file will usually be in /usr/lib/vtk/python/.' | ||
| - | $ | ||
| - | のように''libvtkRenderingPythonTkWidgets.so''を見つけられない場合、 | ||
| - | $ export VTK_TK_WIDGET_PATH=/usr/lib | ||
| - | のように''libvtkRenderingPythonTkWidgets.so''のあるディレクトリを環境変数に設定する。''/usr/lib''や''/usr/local/lib''を | ||
| - | 調べてみて、''libvtkRenderingPythonTkWidgets.so.x.0''はあるが、''libvtkRenderingPythonTkWidgets.so''はない、と言う場合には、 | ||
| - | # ln -s /usr/lib/libvtkRenderingPythonTkWidgets.so.5.0 /usr/lib/libvtkRenderingPythonTkWidgets.so | ||
| - | のようにシンボリックリンクを張る必要がある。 | ||
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| - | VTKのテストは、以下のように | ||
| - | $ export VTK_TK_WIDGET_PATH=/usr/lib | ||
| - | $ python -i VTK.py | ||
| - | >>>^D | ||
| - | $ | ||
| - | オプション''-i''をつけて実行する。 | ||
| - | |||
| - | ====== Dacapoのインストール ====== | ||
| - | ===== Dacapo-pythonのインストール ===== | ||
| - | $ tarzxvf campos-dacapo-2.7.15.tar.gz | ||
| - | $ cd campos-dacapo-2.7.15/ | ||
| - | $ cd Python/ | ||
| - | $ sudo python setup.py install | ||
| - | のようにtarボールを展開したのち、''Python''ディレクトリ下にある''setup.py''を''install''コマンド付きで起動するとインストールされる。この際root権限で実行する。（上の例では''sudo''を使っている。） | ||
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| - | ===== Dacapo実行形式ファイルのインストール ===== | ||
| - | ==== ソースからコンパイルする ==== | ||
| - | tarボールには | ||
| - | ==== コンパイル済みのバイナリをrpmでインストールする ==== | ||
| - | $ sudo apt-get install rpm | ||
| - | $ sudo rpm -ihv --nodeps Dacapo-2.7.7-0.1.i386.rpm | ||
| - | $ dacapo.run | ||
| - | Running /usr/bin//dacapo_2.7.7.run | ||
| - | abort_calc: | ||
| - | Syntax error: number_of_args < 1; | ||
| - | usage:/usr/bin//dacapo_2.7.7.run netCDF_input_file [netCDF_output_file] | ||
| - | [-innc netCDF_input_file] | ||
| - | [-outnc netCDF_out_file] | ||
| - | [-out ASCII_output] | ||
| - | [-scratch scratch_dir ] | ||
| - | [-stop stop_file_name] | ||
| - | clexit: exiting the program | ||
| - | $ | ||
| - | |||
| - | |||
| - | kimi@dell:~/Archives$ sudo rpm -Uhv --nodeps --force Dacapo-2.7.7-0.1.i386.rpm | ||
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| - | kimi@dell:~/Archives$ cd Archives/ | ||
| - | kimi@dell:~/Archives$ cd | ||
| - | kimi@dell:~/Archives$ ls -al | ||
| - | kimi@dell:~/Archives$ sudo sh /tmp/x | ||
| - | kimi@dell:~/Archives$ vi /tmp/x | ||
| - | kimi@dell:~/Archives$ sudo find . -print | grep pseudo$ > /tmp/x | ||
| - | kimi@dell:~/Archives$ sudo chmod a+x * | ||
| - | kimi@dell:~/Archives$ sudo chmod a+x /usr/local/share/psp | ||
