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linux:第一原理計算環境の構築 2020/08/17 16:29 — 現在
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-====== 第一原理計算環境の構築 ====== 
-ここでは、Ubuntu 8.10をインストールしたAT互換機に第一原理計算パッケージ(Dacapo)を導入する手順を説明する。 
-Dacapoパッケージは 
-  - ASE2 (Atomic scale Simulation Environment version 2) python スクリプト集 
-  - Dacapo python スクリプト集 
-  - 擬ポテンシャル 
-  - Dacapo 実行形式ファイル(もしくはそのソースコード(FORTRAN 90)) 
-から成っている。 
- 
-以下では既に[[計算環境の構築|プログラミング言語や可視化ツールなど一般的な開発環境]]について設定されているとして話を進める。 
- 
-====== 追加ソフトウェアの導入 ====== 
-ASEをインストールする前に[[追加ソフトウェアの導入|いくつかソフトウェアをインストールする]]必要がある。 
-==== 必要なソフトウェア ==== 
-  - Python バージョン2.2以降: オブジェクト指向プログラミング言語 (http://www.python.org/) 
-  - Rasmol: 分子構造可視化ツール (http://www.openrasmol.org/) 
-  - GnuplotおよびGnuplot-Python: グラフ作成ツールとそのpython用ライブラリ (http://sourceforge.net/projects/gnuplot-py/) 
-  - NetCDF: Net Comon Data Format用ツール及びそのpython用ライブラリ(Scientific Pythonより前に導入すること) 
-  - VTK: X-Windows用可視化ライブラリ (http://www.vtk.org/)  
-  - Numeric Python [[http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=1369&package_id=1351|バージョン24.2]]. 最新のNumPyを使いたければase3に移行する必要がある。 
-  - Scientific Python (http://dirac.cnrs-orleans.fr/ScientificPython/) 必ずバージョン2.4.11を使うこと。  
-  - Python Pexpect (http://pexpect.sourceforge.net/) 
-  - Matplotlib (http://matplotlib.sourceforge.net/) なくてもよい。 
- 
-====== CAMP-ASE2のインストール ====== 
-===== CAMP-ASE2 Python scripitsのインストール ===== 
-  $ tar zxvf campos-ase-2.3.13.tar.gz 
-  $ cd campos-ase-2.3.13/ 
-  $ sudo python setup.py install 
- 
-===== Test ===== 
-ASE2のTest/VTK.pyを実行してみて 
-pythonスクリプトが 
-  $ python VTK.py  
-  KeyError: 'Environment variable VTK_TK_WIDGET_PATH not set.  
-  Specifies the location of libvtkRenderingPythonTkWidgets.so.  
-  This file will usually be in /usr/lib/vtk/python/.' 
-  $ 
-のように''libvtkRenderingPythonTkWidgets.so''を見つけられない場合、 
-  $ export VTK_TK_WIDGET_PATH=/usr/lib 
-のように''libvtkRenderingPythonTkWidgets.so''のあるディレクトリを環境変数に設定する。''/usr/lib''や''/usr/local/lib''を 
-調べてみて、''libvtkRenderingPythonTkWidgets.so.x.0''はあるが、''libvtkRenderingPythonTkWidgets.so''はない、と言う場合には、 
-  # ln -s /usr/lib/libvtkRenderingPythonTkWidgets.so.5.0 /usr/lib/libvtkRenderingPythonTkWidgets.so 
-のようにシンボリックリンクを張る必要がある。 
- 
-VTKのテストは、以下のように 
-  $ export VTK_TK_WIDGET_PATH=/usr/lib 
-  $ python -i VTK.py  
-  >>>^D  
-  $  
-オプション''-i''をつけて実行する。 
- 
-====== Dacapoのインストール ====== 
-===== Dacapo-pythonのインストール ===== 
-  $ tarzxvf campos-dacapo-2.7.15.tar.gz 
-  $ cd campos-dacapo-2.7.15/ 
-  $ cd Python/ 
-  $ sudo python setup.py install 
-のようにtarボールを展開したのち、''Python''ディレクトリ下にある''setup.py''を''install''コマンド付きで起動するとインストールされる。この際root権限で実行する。(上の例では''sudo''を使っている。) 
- 
-===== Dacapo実行形式ファイルのインストール ===== 
-==== ソースからコンパイルする ==== 
-tarボールには 
-==== コンパイル済みのバイナリをrpmでインストールする ==== 
-  $ sudo apt-get install rpm 
-  $ sudo rpm -ihv --nodeps Dacapo-2.7.7-0.1.i386.rpm  
-  $ dacapo.run  
-  Running /usr/bin//dacapo_2.7.7.run 
-  abort_calc:  
-  Syntax error: number_of_args < 1;  
-  usage:/usr/bin//dacapo_2.7.7.run netCDF_input_file [netCDF_output_file] 
-                                                    [-innc netCDF_input_file]  
-                                                    [-outnc netCDF_out_file] 
-                                                    [-out ASCII_output] 
-                                                    [-scratch scratch_dir ] 
-                                                    [-stop stop_file_name] 
-  clexit: exiting the program 
-  $  
- 
- 
-  kimi@dell:~/Archives$ sudo rpm -Uhv --nodeps --force Dacapo-2.7.7-0.1.i386.rpm  
- 
-  kimi@dell:~/Archives$ cd Archives/ 
-  kimi@dell:~/Archives$ cd 
-  kimi@dell:~/Archives$ ls -al 
-  kimi@dell:~/Archives$ sudo sh /tmp/x 
-  kimi@dell:~/Archives$ vi /tmp/x 
-  kimi@dell:~/Archives$ sudo find . -print | grep pseudo$ > /tmp/x 
-  kimi@dell:~/Archives$ sudo chmod a+x * 
-  kimi@dell:~/Archives$ sudo chmod a+x /usr/local/share/psp 
linux/第一原理計算環境の構築.1597649343.txt.gz · 最終更新: 2020/08/17 16:29 by kimi
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