seminar:波動関数 [Solid State Laboratory Web Seminar]

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====== 波動関数の描画 ======
===== 一酸化炭素の計算 =====

  - 過去の大きさをちょっと大きめにする。
  - 計算する状態の個数をちょっと多めにする。

===== 分子のエネルギー =====
<code text>
$ grep TOT: co.data
 TOT:  CPU time                  Total energy
 TOT:                   LDA            GGA            LDA
 TOT:             PerdewZunger   PerdewWang91      VosWilNus
 TOT:  CPU time   non-selfcons       selfcons   non-selfcons
 TOT:   seconds          eV             eV             eV
 TOT:       8.8      -588.7320      -591.9119      -588.7573
 TOT:       9.8      -588.2469      -591.4679      -588.3085
 TOT:      10.3      -587.8200      -591.1384      -587.8709
 TOT:      10.8      -587.7559      -591.1019      -587.7985
 TOT:      11.4      -587.7044      -591.1017      -587.7405
 TOT:      11.9      -587.7184      -591.1058      -587.7516
 TOT:      12.4      -587.7194      -591.1045      -587.7524
 TOT:      13.2      -587.7166      -591.1047      -587.7497
 TOT:      14.1      -587.7172      -591.1048      -587.7503
 TOT:      15.0      -587.7173      -591.1048      -587.7504
 TOT:      15.9      -587.7171      -591.1048      -587.7502
 TOT:      16.8      -587.7173      -591.1048      -587.7504
 TOT:      17.6      -587.7173      -591.1048      -587.7504
 TOT:      stopping    0.000000
$ 
                                        ↑これ
</code>

====== VESTAファイル作成法 ======
Dacapoの出力ncファイルから波動関数可視化のためのVESTA用ファイルの作成。スーパーセルが斜方晶の場合にはcubeファイルを直接VESTA.appに読み込ませればよい。

  - 適当なディレクトリを作り、そこにncファイルをコピーする\\ ただし、バンド分散の計算に使ったncファイルは使わないこと。電子状態の数×波数の数だけの大量のファイルができるので注意。
  - ncファイルをコピーしたディレクトリにcdで移動し、getwfsを動かす。<code sh>
$ cd ab335/
$ ls
ab335.nc
$ getwfs -a ab335.nc ab335.cube
GetWaveFunction: kpt =  [-0.375 -0.375  0.   ]
GetWaveFunction: kpt =  [-0.375 -0.125  0.   ]
...

$ ls
ab33500k0.cube  ab33502k1.cube  ab33504k2.cube  ab33506k3.cube  ab33508k4.cube  ab33510k5.cube
...
</code>

スーパーセルが斜方晶以外の場合（六法晶を含む）、cubeファイルから直接VESTA.appで描画することはできない。そこでcubeファイルをラッピングしたvestaファイルを作成する。

  - cubeファイルを一つ選び、makevestaを動かす。<code sh>
$ makevestafile -e ab33500k0.cube ab335.nc ab33500k0.vesta
$ ls ab33500k0.*
ab33500k0.cube  ab33500k0.vesta
</code>
  - できたcubeファイルとvestaファイルの両方をMacintoshに転送する。
  - 転送したcubeファイルとvestaファイルの両方を同じフォルダに置いた状態でVESTA.appにvestaファイルを食わせる。