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波動関数の描画

一酸化炭素の計算

  1. 結合エネルギーエレクトロンボルト単位で求める。
    結合エネルギー=(分子のエネルギー)ー(原子のエネルギーの和)
    炭素原子のエネルギー -10.746116094 Ry
    酸素原子のエネルギー -31.634296294 Ry
    (1[Ry](リュドベリー) が何[eV]になるかは各自調べておくこと)
  2. C-O間距離を0.8Aから1.8Aまで変化させながらエネルギーを計算して、横軸C-O間距離、縦軸結合エネルギーのグラフを描く

分子のエネルギー

$ grep TOT: co.data
 TOT:  CPU time                  Total energy
 TOT:                   LDA            GGA            LDA
 TOT:             PerdewZunger   PerdewWang91      VosWilNus
 TOT:  CPU time   non-selfcons       selfcons   non-selfcons
 TOT:   seconds          eV             eV             eV
 TOT:       8.8      -588.7320      -591.9119      -588.7573
 TOT:       9.8      -588.2469      -591.4679      -588.3085
 TOT:      10.3      -587.8200      -591.1384      -587.8709
 TOT:      10.8      -587.7559      -591.1019      -587.7985
 TOT:      11.4      -587.7044      -591.1017      -587.7405
 TOT:      11.9      -587.7184      -591.1058      -587.7516
 TOT:      12.4      -587.7194      -591.1045      -587.7524
 TOT:      13.2      -587.7166      -591.1047      -587.7497
 TOT:      14.1      -587.7172      -591.1048      -587.7503
 TOT:      15.0      -587.7173      -591.1048      -587.7504
 TOT:      15.9      -587.7171      -591.1048      -587.7502
 TOT:      16.8      -587.7173      -591.1048      -587.7504
 TOT:      17.6      -587.7173      -591.1048      -587.7504
 TOT:      stopping    0.000000
$ 
                                        ↑これ

VESTAファイル作成法

Dacapoの出力ncファイルから波動関数可視化のためのVESTA用ファイルの作成。スーパーセルが斜方晶の場合にはcubeファイルを直接VESTA.appに読み込ませればよい。

  1. 適当なディレクトリを作り、そこにncファイルをコピーする
    ただし、バンド分散の計算に使ったncファイルは使わないこと。電子状態の数×波数の数だけの大量のファイルができるので注意。
  2. ncファイルをコピーしたディレクトリにcdで移動し、getwfsを動かす。
    $ cd ab335/
    $ ls
    ab335.nc
    $ getwfs -a ab335.nc ab335.cube
    GetWaveFunction: kpt =  [-0.375 -0.375  0.   ]
    GetWaveFunction: kpt =  [-0.375 -0.125  0.   ]
    ...
     
    $ ls
    ab33500k0.cube  ab33502k1.cube  ab33504k2.cube  ab33506k3.cube  ab33508k4.cube  ab33510k5.cube
    ...

スーパーセルが斜方晶以外の場合(六法晶を含む)、cubeファイルから直接VESTA.appで描画することはできない。そこでcubeファイルをラッピングしたvestaファイルを作成する。

  1. cubeファイルを一つ選び、makevestaを動かす。
    $ makevestafile -e ab33500k0.cube ab335.nc ab33500k0.vesta
    $ ls ab33500k0.*
    ab33500k0.cube  ab33500k0.vesta
  2. できたcubeファイルとvestaファイルの両方をMacintoshに転送する。
  3. 転送したcubeファイルとvestaファイルの両方を同じフォルダに置いた状態でVESTA.appにvestaファイルを食わせる。
seminar/波動関数.1369713203.txt.gz · 最終更新: 2013/05/28 12:53 by kimi
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