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| seminar:波動関数 2013/05/28 12:53 | — 現在 | ||
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| ライン 1: | ライン 1: | ||
| - | ====== 波動関数の描画 ====== | ||
| - | ===== 一酸化炭素の計算 ===== | ||
| - | - 結合エネルギーエレクトロンボルト単位で求める。\\ 結合エネルギー＝（分子のエネルギー）ー（原子のエネルギーの和）\\ 炭素原子のエネルギー -10.746116094 Ry\\ 酸素原子のエネルギー -31.634296294 Ry\\ (1[Ry](リュドベリー) が何[eV]になるかは各自調べておくこと) | ||
| - | - C-O間距離を0.8Aから1.8Aまで変化させながらエネルギーを計算して、横軸C-O間距離、縦軸結合エネルギーのグラフを描く | ||
| - | ===== 分子のエネルギー ===== | ||
| - | <code text> | ||
| - | $ grep TOT: co.data | ||
| - | TOT: CPU time Total energy | ||
| - | TOT: LDA GGA LDA | ||
| - | TOT: PerdewZunger PerdewWang91 VosWilNus | ||
| - | TOT: CPU time non-selfcons selfcons non-selfcons | ||
| - | TOT: seconds eV eV eV | ||
| - | TOT: 8.8 -588.7320 -591.9119 -588.7573 | ||
| - | TOT: 9.8 -588.2469 -591.4679 -588.3085 | ||
| - | TOT: 10.3 -587.8200 -591.1384 -587.8709 | ||
| - | TOT: 10.8 -587.7559 -591.1019 -587.7985 | ||
| - | TOT: 11.4 -587.7044 -591.1017 -587.7405 | ||
| - | TOT: 11.9 -587.7184 -591.1058 -587.7516 | ||
| - | TOT: 12.4 -587.7194 -591.1045 -587.7524 | ||
| - | TOT: 13.2 -587.7166 -591.1047 -587.7497 | ||
| - | TOT: 14.1 -587.7172 -591.1048 -587.7503 | ||
| - | TOT: 15.0 -587.7173 -591.1048 -587.7504 | ||
| - | TOT: 15.9 -587.7171 -591.1048 -587.7502 | ||
| - | TOT: 16.8 -587.7173 -591.1048 -587.7504 | ||
| - | TOT: 17.6 -587.7173 -591.1048 -587.7504 | ||
| - | TOT: stopping 0.000000 | ||
| - | $ | ||
| - | ↑これ | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | ====== VESTAファイル作成法 ====== | ||
| - | Dacapoの出力ncファイルから波動関数可視化のためのVESTA用ファイルの作成。スーパーセルが斜方晶の場合にはcubeファイルを直接VESTA.appに読み込ませればよい。 | ||
| - | |||
| - | - 適当なディレクトリを作り、そこにncファイルをコピーする\\ ただし、バンド分散の計算に使ったncファイルは使わないこと。電子状態の数×波数の数だけの大量のファイルができるので注意。 | ||
| - | - ncファイルをコピーしたディレクトリにcdで移動し、getwfsを動かす。<code sh> | ||
| - | $ cd ab335/ | ||
| - | $ ls | ||
| - | ab335.nc | ||
| - | $ getwfs -a ab335.nc ab335.cube | ||
| - | GetWaveFunction: kpt = [-0.375 -0.375 0. ] | ||
| - | GetWaveFunction: kpt = [-0.375 -0.125 0. ] | ||
| - | ... | ||
| - | |||
| - | $ ls | ||
| - | ab33500k0.cube ab33502k1.cube ab33504k2.cube ab33506k3.cube ab33508k4.cube ab33510k5.cube | ||
| - | ... | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | スーパーセルが斜方晶以外の場合（六法晶を含む）、cubeファイルから直接VESTA.appで描画することはできない。そこでcubeファイルをラッピングしたvestaファイルを作成する。 | ||
| - | |||
| - | - cubeファイルを一つ選び、makevestaを動かす。<code sh> | ||
| - | $ makevestafile -e ab33500k0.cube ab335.nc ab33500k0.vesta | ||
| - | $ ls ab33500k0.* | ||
| - | ab33500k0.cube ab33500k0.vesta | ||
| - | </code> | ||
| - | - できたcubeファイルとvestaファイルの両方をMacintoshに転送する。 | ||
| - | - 転送したcubeファイルとvestaファイルの両方を同じフォルダに置いた状態でVESTA.appにvestaファイルを食わせる。 | ||
