以前のリビジョンの文書です
波動関数の描画
一酸化炭素の計算
- 過去の大きさをちょっと大きめにする。
- 計算する状態の個数をちょっと多めにする。
分子のエネルギー
$ grep TOT: co.data
TOT: CPU time Total energy
TOT: LDA GGA LDA
TOT: PerdewZunger PerdewWang91 VosWilNus
TOT: CPU time non-selfcons selfcons non-selfcons
TOT: seconds eV eV eV
TOT: 8.8 -588.7320 -591.9119 -588.7573
TOT: 9.8 -588.2469 -591.4679 -588.3085
TOT: 10.3 -587.8200 -591.1384 -587.8709
TOT: 10.8 -587.7559 -591.1019 -587.7985
TOT: 11.4 -587.7044 -591.1017 -587.7405
TOT: 11.9 -587.7184 -591.1058 -587.7516
TOT: 12.4 -587.7194 -591.1045 -587.7524
TOT: 13.2 -587.7166 -591.1047 -587.7497
TOT: 14.1 -587.7172 -591.1048 -587.7503
TOT: 15.0 -587.7173 -591.1048 -587.7504
TOT: 15.9 -587.7171 -591.1048 -587.7502
TOT: 16.8 -587.7173 -591.1048 -587.7504
TOT: 17.6 -587.7173 -591.1048 -587.7504
TOT: stopping 0.000000
$
↑これ
VESTAファイル作成法
Dacapoの出力ncファイルから波動関数可視化のためのVESTA用ファイルの作成。スーパーセルが斜方晶の場合にはcubeファイルを直接VESTA.appに読み込ませればよい。
- 適当なディレクトリを作り、そこにncファイルをコピーする
ただし、バンド分散の計算に使ったncファイルは使わないこと。電子状態の数×波数の数だけの大量のファイルができるので注意。 - ncファイルをコピーしたディレクトリにcdで移動し、getwfsを動かす。
$ cd ab335/ $ ls ab335.nc $ getwfs -a ab335.nc ab335.cube GetWaveFunction: kpt = [-0.375 -0.375 0. ] GetWaveFunction: kpt = [-0.375 -0.125 0. ] ... $ ls ab33500k0.cube ab33502k1.cube ab33504k2.cube ab33506k3.cube ab33508k4.cube ab33510k5.cube ...
スーパーセルが斜方晶以外の場合（六法晶を含む）、cubeファイルから直接VESTA.appで描画することはできない。そこでcubeファイルをラッピングしたvestaファイルを作成する。
- cubeファイルを一つ選び、makevestaを動かす。
$ makevestafile -e ab33500k0.cube ab335.nc ab33500k0.vesta $ ls ab33500k0.* ab33500k0.cube ab33500k0.vesta
- できたcubeファイルとvestaファイルの両方をMacintoshに転送する。
- 転送したcubeファイルとvestaファイルの両方を同じフォルダに置いた状態でVESTA.appにvestaファイルを食わせる。
