以前のリビジョンの文書です


波動関数の描画

一酸化炭素の計算

  1. 過去の大きさをちょっと大きめにする。
  2. 計算する状態の個数をちょっと多めにする。

出力ファイル名を指定して実行する

calc = Dacapo()
.
.
.
calc.SetNetCDFFile('tekitou_na_namae.nc')
calc.SetTxtFile('tekitou_na_namae.nc.text')
.
.
.
calc.Calculate()

VESTAファイル作成法

Dacapoの出力ncファイルから波動関数可視化のためのVESTA用ファイルの作成。スーパーセルが斜方晶の場合にはcubeファイルを直接VESTA.appに読み込ませればよい。

  1. 適当なディレクトリを作り、そこにncファイルをコピーする
    ただし、バンド分散の計算に使ったncファイルは使わないこと。電子状態の数×波数の数だけの大量のファイルができるので注意。
  2. ncファイルをコピーしたディレクトリにcdで移動し、getwfsを動かす。
    $ cd ab335/
    $ ls
    ab335.nc
    $ getwfs -a ab335.nc ab335.cube
    GetWaveFunction: kpt =  [-0.375 -0.375  0.   ]
    GetWaveFunction: kpt =  [-0.375 -0.125  0.   ]
    ...
     
    $ ls
    ab33500k0.cube  ab33502k1.cube  ab33504k2.cube  ab33506k3.cube  ab33508k4.cube  ab33510k5.cube
    ...

スーパーセルが斜方晶以外の場合(六法晶を含む)、cubeファイルから直接VESTA.appで描画することはできない。そこでcubeファイルをラッピングしたvestaファイルを作成する。

  1. cubeファイルを一つ選び、makevestaを動かす。
    $ makevestafile -e ab33500k0.cube ab335.nc ab33500k0.vesta
    $ ls ab33500k0.*
    ab33500k0.cube  ab33500k0.vesta
  2. できたcubeファイルとvestaファイルの両方をMacintoshに転送する。
  3. 転送したcubeファイルとvestaファイルの両方を同じフォルダに置いた状態でVESTA.appにvestaファイルを食わせる。
seminar/波動関数.1369713572.txt.gz · 最終更新: 2013/05/28 12:59 by kimi
www.chimeric.de Creative Commons License Valid CSS Driven by DokuWiki do yourself a favour and use a real browser - get firefox!! Recent changes RSS feed Valid XHTML 1.0