以前のリビジョンの文書です


Ion123レコード→PDBファイル

Dacapo *.text中のIon123レコードだけの行からpdbファイルをつくる

  1. Dacapoでつくったhogehoge.text中のIon123だけの行をhogehoge.dataとして保存する。

例)

% grep Ion123 hogehoge.text > hogehoge.data

pdbファイルを作るためのスクリプトion2pdb

#!/usr/bin/awk -f
BEGIN{
  atom[1] = "H";
  atom[2] = "O";
  atom[3] = "CU";
  x0 =  7.68000000;
  y0 =  7.24077344;
  z0 = 18.00000000;
  t = 1.0;
  f = 0.0;
  nline = 0;
}

{

  nline ++;
  printf("ATOM %6d  %-3s THR%6d    ", $3, atom[$5], 1);
  printf("%8.3f%8.3f%8.3f%6.2f%6.2f\n", x0*$6, y0*$7, z0*$8, t, f);
}
END{
  printf("END\n");
}
% ion2pdb hogehoge.data > hogehoge.pdb
  1. rasmolで確認

% rasmol hogehoge.pdb

seminar/ion123topdb.1230379597.txt.gz · 最終更新: 2008/12/27 21:06 by kimi
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