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seminar:ion123topdb 2008/12/27 21:06 | — 現在 | ||
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ライン 1: | ライン 1: | ||
- | ====== Ion123レコード→PDBファイル ====== | ||
- | Dacapo *.text中のIon123レコードだけの行からpdbファイルをつくる | ||
- | |||
- | - Dacapoでつくったhogehoge.text中のIon123だけの行をhogehoge.dataとして保存する。 | ||
- | 例) | ||
- | % grep Ion123 hogehoge.text > hogehoge.data | ||
- | |||
- | pdbファイルを作るためのスクリプトion2pdb | ||
- | #!/usr/bin/awk -f | ||
- | BEGIN{ | ||
- | atom[1] = "H"; | ||
- | atom[2] = "O"; | ||
- | atom[3] = "CU"; | ||
- | x0 = 7.68000000; | ||
- | y0 = 7.24077344; | ||
- | z0 = 18.00000000; | ||
- | t = 1.0; | ||
- | f = 0.0; | ||
- | nline = 0; | ||
- | } | ||
- | { | ||
- | nline ++; | ||
- | printf("ATOM %6d %-3s THR%6d ", $3, atom[$5], 1); | ||
- | printf("%8.3f%8.3f%8.3f%6.2f%6.2f\n", x0*$6, y0*$7, z0*$8, t, f); | ||
- | } | ||
- | END{ | ||
- | printf("END\n"); | ||
- | } | ||
- | |||
- | % ion2pdb hogehoge.data > hogehoge.pdb | ||
- | |||
- | - rasmolで確認 | ||
- | % rasmol hogehoge.pdb | ||