差分
この文書の現在のバージョンと選択したバージョンの差分を表示します。
| seminar:ion123topdb 2008/12/27 21:06 | — 現在 | ||
|---|---|---|---|
| ライン 1: | ライン 1: | ||
| - | ====== Ion123レコード→PDBファイル ====== | ||
| - | Dacapo *.text中のIon123レコードだけの行からpdbファイルをつくる | ||
| - | |||
| - | - Dacapoでつくったhogehoge.text中のIon123だけの行をhogehoge.dataとして保存する。 | ||
| - | 例) | ||
| - | % grep Ion123 hogehoge.text > hogehoge.data | ||
| - | |||
| - | pdbファイルを作るためのスクリプトion2pdb | ||
| - | #!/usr/bin/awk -f | ||
| - | BEGIN{ | ||
| - | atom[1] = "H"; | ||
| - | atom[2] = "O"; | ||
| - | atom[3] = "CU"; | ||
| - | x0 = 7.68000000; | ||
| - | y0 = 7.24077344; | ||
| - | z0 = 18.00000000; | ||
| - | t = 1.0; | ||
| - | f = 0.0; | ||
| - | nline = 0; | ||
| - | } | ||
| - | { | ||
| - | nline ++; | ||
| - | printf("ATOM %6d %-3s THR%6d ", $3, atom[$5], 1); | ||
| - | printf("%8.3f%8.3f%8.3f%6.2f%6.2f\n", x0*$6, y0*$7, z0*$8, t, f); | ||
| - | } | ||
| - | END{ | ||
| - | printf("END\n"); | ||
| - | } | ||
| - | |||
| - | % ion2pdb hogehoge.data > hogehoge.pdb | ||
| - | |||
| - | - rasmolで確認 | ||
| - | % rasmol hogehoge.pdb | ||
