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seminar:ion123topdb 2009/02/03 18:22 — 現在
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-====== Ion123レコード→PDBファイル ====== 
-Dacapo *.text中のIon123レコードだけの行からpdbファイルをつくる 
- 
-  - Dacapoでつくったhogehoge.text中のIon123だけの行をhogehoge.dataとして保存する。 
-例) 
-  % grep Ion123 hogehoge.text > hogehoge.data 
- 
-pdbファイルを作るためのスクリプトion2pdb 
-  #!/usr/bin/awk -f 
-  BEGIN{ 
-    atom[1] = "H"; 
-    atom[2] = "O"; 
-    atom[3] = "CU"; 
-    x0 =  7.68000000; 
-    y0 =  7.24077344; 
-    z0 = 18.00000000; 
-    t = 1.0; 
-    f = 0.0; 
-    nline = 0; 
-  } 
- { 
-    nline ++; 
-    printf("ATOM %6d  %-3s THR%6d    ", $3, atom[$5], 1); 
-    printf("%8.3f%8.3f%8.3f%6.2f%6.2f\n", x0*$6, y0*$7, z0*$8, t, f); 
-  } 
-  END{ 
-    printf("END\n"); 
-  } 
- 
-  % ion2pdb hogehoge.data > hogehoge.pdb 
- 
-  - rasmolで確認 
-  % rasmol hogehoge.pdb  
seminar/ion123topdb.1233652920.txt.gz · 最終更新: 2009/02/03 18:22 by kimi
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