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計算結果の可視化

結晶構造・原子配列

結晶や分子を構成している原子の配列を可視化する場合、原子の種類とその座標をxyzファイルフォーマットで保存しておくと、Jmol, iMol, Rasmolといったアプリケーションを使って描画することができる。pdbファイルも同様に使えるが、xyzファイルのほうが圧倒的に易しいのでこっちをつかう。

原子配列の可視化

y=f(x)型プロット

単純な一変数の関数のグラフはAbscissaを使う。使用法は「Abscissa実習」を参照。

z=f(x, y)型プロット

二変数の関数のグラフは主に

  • 二次元のポテンシャル面
  • STM像
  • LEED/XRD回折像
  • パターソン図

などの描画の際に必要になる。 二変数の関数の描画法には、

  • 鳥瞰図

z=f(x, y)の図形を

  • 線画
  • 多面体

で記述するか

  • 平面図

f(x, y)をx-y平面内で

  • 等高線
  • 色の濃淡

を用いて表すか のどちらかを使う

鳥瞰図(多面体)の描画は、次節「f(x,y,z)型」の作図法に準拠する。

鳥瞰図(線画)と等高線図には?GnuPlotを使用する。(→?GnuPlot実習)

濃淡図(グラデーションマップ)は、一旦pythonかawkでデータを処理した後ImageJを使用する。(→?ImageJ実習)

f(x, y, z)型プロット

三次元ポテンシャルや波動関数を描画しようとするとx,y,z全ての座標に依存する関数を描画する必要があるわけだが、これにはVisual Molecular DynamicsVESTAを用いる。そのためにはGaussian Cubeファイルフォーマットについての知識が必要になる。 また、ASEのVTKPlotを使うこともできる。必要になったときに個別に相談すること。

pdb ファイルの利用法

  • sample2.pdb
  • Si結晶のPDBファイル
  • 実習 ?PDBファイルの作成
  • ちょっとしたテクニック(Tips)
    • Gnuplotでファイルに出力
    • アニメーション用pdbファイル
    • データをファイルから取り出す

xyz ファイルの利用法

  • sample2.xyz
  • Si結晶のxyzファイル
  • 実習 ?xyzファイルの作成
    • アニメーション用xyzファイル
    • データをファイルから取り出す
seminar/visualization.1243241429.txt.gz · 最終更新: 2009/05/25 17:50 by kimi
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