Visual Molecular Dynamics

ダウンロード

インストール

$ tar zxvf vmd-1.8.6.bin.LINUX.opengl.tar.gz 
$ cd vmd-1.8.6/
$ ./configure 
$ cd src
$ sudo make install

インストールされるvmdコマンドは実はcshのシェルスクリプト。実行には当然cshが必要だが、ubuntu8.10にはデフォルトではcshが入っていない。

$ sudo apt-get install tcsh

などとしてcshもインストールしておくこと。

トラブルシューティング

$ vmd

で起動しようとすると一瞬何かしらの窓(実はvmdのコンソールである)が開くものの、すぐにプログラムが終了してしまう。こんなときは、

$ vmd --help
/usr/local/lib/vmd/vmd_LINUX: error while loading shared libraries: libstdc++.so.5: cannot open 
shared object file: No such file or directory

のようなオプションをつけてみるとよい。1)標準動的ライブラリがないようだ。検索にはapt-cacheを使う。

$ apt-cache search libstdc++
lib64stdc++6 - The GNU Standard C++ Library v3 (64bit)
lib64stdc++6-4.2-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files)
lib64stdc++6-4.3-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files)
libgmp3-dev - Multiprecision arithmetic library developers tools
libstdc++6 - The GNU Standard C++ Library v3
libstdc++6-4.1-doc - The GNU Standard C++ Library v3 (documentation files)
libstdc++6-4.2-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files)
libstdc++6-4.2-dev - The GNU Standard C++ Library v3 (development files)
libstdc++6-4.2-doc - The GNU Standard C++ Library v3 (documentation files)
libstdc++6-4.3-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files)
libstdc++6-4.3-dev - The GNU Standard C++ Library v3 (development files)
libstdc++6-4.3-doc - The GNU Standard C++ Library v3 (documentation files)
libstdc++6-4.3-pic - The GNU Standard C++ Library v3 (shared library subset kit)
lib64stdc++6-4.1-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files)
libstdc++5 - The GNU Standard C++ Library v3
libstdc++6-4.1-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files)
libstdc++6-4.1-dev - The GNU Standard C++ Library v3 (development files)
libstdc++6-4.1-pic - The GNU Standard C++ Library v3 (shared library subset kit)
libstdc++6-4.2-pic - The GNU Standard C++ Library v3 (shared library subset kit)

libstdc++5をインストールしておく。

$ sudo apt-get install libstdc++5

これでvmdが起動するようになった。

1) これは別にヘルプが表示されるのを期待しているわけではなく、標準出力に何かを書かせようとしてみるという意味。
software/vmd.txt · 最終更新: 2009/04/27 17:46 by kimi
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