Surface Science and Solid State Theory Laboratory

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Archive for 11月 10th, 2009


From NetCDF to CUBE (1) 0

Posted on 11月 10, 2009 by kimi

Total density of states;

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#!/usr/bin/env python
import string
from math import log10
from optparse import OptionParser

from Dacapo import Dacapo
from ASE.IO.Cube import WriteCube

cmd = OptionParser(usage = '%prog input_nc_file output_cube_file')

(opt, argv) = cmd.parse_args()

if len(argv) != 2:
  cmd.print_help()
  raise SystemExit

ncfile = argv[0]
cubefile = argv[1]
basename = string.split(cubefile, '.cube')

model = Dacapo.ReadAtoms(ncfile)
calculator = model.GetCalculator()

if not calculator.GetSpinPolarized():
  filename_total= basename[0] + '.cube'
else:
  filename_total= basename[0] + '_total.cube'
  filename_diff= basename[0] + '_diff.cube'
  filename_spin0= basename[0] + '_spin0.cube'
  filename_spin1= basename[0] + '_spin1.cube'
  density0 = calculator.GetDensityArray(spin = 0)
  density1 = calculator.GetDensityArray(spin = 1)
  WriteCube(model, density0, filename_spin0)
  WriteCube(model, density1, filename_spin1)
  diff = density1 - density0
  WriteCube(model, diff, filename_diff)

density = calculator.GetDensityArray()
WriteCube(model, density, filename_total)

From NetCDF to DOS 0

Posted on 11月 10, 2009 by kimi
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#!/usr/bin/env python
from optparse import OptionParser
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from Dacapo import Dacapo
from ASE.Utilities.DOS import DOS
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cmd = OptionParser(usage = '%prog [-r] input_nc_file output_text_file')
cmd.add_option('-r', '--reverse', action = "store_true", default = False,
help = 'reverse out put for minor spin states')
(opt, argv) = cmd.parse_args()

if len(argv) != 2:
  cmd.print_help()
  raise SystemExit

  ncfile = argv[0]
  textfile = argv[1]
  sfmt0 = '%-15s %-15s\n'
  sfmt1 = '%-15s %-15s %-15s %-15s\n'
  efmt0 = '%15.7E %15.7E\n'
  efmt1 = '%15.7E %15.7E %15.7E %15.7E\n'
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  atoms = Dacapo.ReadAtoms(ncfile)
  calc = atoms.GetCalculator()
  isSpinPolarized = calc.GetSpinPolarized()
  dos = DOS(calc)
  x0 = dos.GetEnergies()
  if isSpinPolarized:
    y0 = dos.GetDOS(0)
    y1 = dos.GetDOS(1)
    fp = open(textfile, 'w')
    if opt.reverse:
      fp.write(sfmt1 % ('Energy', 'DOS0', 'DOS1', 'DIFF'))
    else:
      fp.write(sfmt1 % ('Energy', 'DOS0', 'DOS1', 'TOTAL'))
      for i in range(len(x0)):
        if opt.reverse:
          fp.write(efmt1 % (x0[i], y0[i], -y1[i], y0[i] - y1[i]))
        else:
          fp.write(efmt1 % (x0[i], y0[i],  y1[i], y0[i] + y1[i]))
      fp.close()
  else:
    y0 = dos.GetDOS(0)
    fp = open(textfile, 'w')
    fp.write(sfmt0 % ('Energy', 'DOS'))
    for i in range(len(x0)):
      fp.write(efmt0 % (x0[i], y0[i]))
    fp.close()

iPhoneガラス修理 0

Posted on 11月 10, 2009 by kimi

PDA工房
岡山(倉敷)にこんなとこがあるとは知らなかった。

大文字小文字変換 0

Posted on 11月 10, 2009 by kimi

アルファベットの大文字小文字の混ざったファイルの中身を小文字のみに統一する。

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$ tr [A-Z] [a-z] < 混在ファイル名 > 小文字のみファイル名

確かに、sedやawkの使い方を覚えるよう指導しているが、こんな作業はtrコマンドで一発。

ログインスクリーン画像の在りか 0

Posted on 11月 10, 2009 by kimi

Mac OSX ではユーザ環境の壁紙を「システム環境設定」で変更しても、ログイン画面の壁紙はあのディープスペースの画像のままである。Mac OS Xのログインスクリーン画像は

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/System/Library/CoreServices/DefaultDesktop.jpg

にある。このファイルを置き換えればログインスクリーン画像も自由に変更できる。

iPhoneのパケット通信を禁止する 0

Posted on 11月 10, 2009 by kimi

以下のファイルをダウンロードし、解凍してできた「APN disabler.mobileconfig」をメールの添付ファイルとしてiphoneに送信する。

mobileconfigファイル(zipにて圧縮済)

jailbreakしたiphone 3Gに普通のソフトバンクモバイル(SMB)のSIMをさしてこの設定をして使う。常時無線LAN環境下に居られる人向き。ホワイトプランで通話相手がSBMだけだと、これで本当に「毎月980円でiPhone」が実現する。

Tips and Chips 0

Posted on 11月 10, 2009 by kimi

「○ップじゃないんだ,○ップなんだよ!」

A

  1. a small piece or part serving as an end, cap, or point
  2. an item of expert or authoritative information
  3. a gift or money tendered for a service performed or anticipated

B

  1. a small thin and flat piece
  2. something small, worthless, or trivial
  3. one of the counters used as a token for money in poker and other games

でどっちなの?

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Blog 0

Posted on 11月 10, 2009 by kimi

世はブログ全盛の感がある。なんせ、うちの学長までやってるぐらいだ。そこでこのサイトもWordPressを導入してブログ風にしてみたのだが、いかんせんこうやって見てみると一週間に一回も更新できていないのがもろわかりである。 Read the rest of this entry →



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